Kabupaten Malaka adalah Daerah Otonomi Baru (DOB) hasil pemekaran dari Kabupaten Belu. Secara yuridis Kabupaten Malaka terbentuk dengan Undang-Undang Nomor 3 Tahun 2013 tanggal 11 Januari 2013 tentang Pembentukan Kabupaten Malaka di Propinsi Nusa Tenggara Timur.